Base des structures de recherche Inria
Statistics In System biology and Translational Medicine
SISTM (SR0575YR) → SISTM
Statut:
Décision signée
Responsable :
Melanie Prague
Mots-clés de "A - Thèmes de recherche en Sciences du numérique - 2024" :
A3.1.1. Modélisation, représentation
, A3.1.10. Données hétérogènes
, A3.1.11. Données structurées
, A3.3.2. Fouille de données
, A3.3.3. Analyse de données massives
, A3.4.1. Apprentissage supervisé
, A3.4.2. Apprentissage non supervisé
, A3.4.3. Apprentissage par renforcement
, A3.4.4. Optimisation pour l'apprentissage
, A3.4.5. Méthodes bayésiennes
, A5.2. Visualisation de données
, A6.1.1. Modélisation continue (EDP, EDO)
, A6.2.4. Méthodes statistiques
, A6.3.1. Problèmes inverses
, A6.3.4. Réduction de modèles
, A6.4.2. Contrôle stochastique
, A9.2. Apprentissage
, A9.6. Aide à la décision
Mots-clés de "B - Autres sciences et domaines d'application - 2024" :
B1.1. Biologie
, B1.1.5. Immunologie
, B1.1.7. Biologie computationnelle
, B1.1.10. Biologie des systèmes et biologie synthétique
, B2.2.4. Maladies infectieuses, Virologie
, B2.2.5. Maladies du système immunitaire
, B2.3. Epidémiologie
, B2.4.1. Pharmacologie et toxicologie
, B2.4.2. Résistance aux médicaments
, B9.5.6. Science des données
, B9.8. Recherche reproductible
Domaine :
Santé, biologie et planète numériques
Thème :
Modélisation et commande pour le vivant
Période :
01/01/2015 ->
31/12/2027
Dates d'évaluation :
12/10/2017 , 15/05/2022
Etablissement(s) de rattachement :
U. DE BORDEAUX, INSERM
Laboratoire(s) partenaire(s) :
<sans UMR>
CRI :
Centre Inria de l'université de Bordeaux
Localisation :
Institut de Santé Publique d'Epidémiologie et de Développement
Code structure Inria :
091058-1
Numéro RNSR :
201321095C
N° de structure Inria:
SR0678GR
L’équipe se consacre au développement de méthodes statistiques pour l’analyse intégrative des données en médecine et en biologie. Grâce aux progrès technologiques, la recherche clinique et biologique génère des quantités massives de données. Les données » omiques » telles que la génomique (expression des gènes) et la protéomique sont importantes, mais aussi d’autres types de données, pour lesquelles les technologies modernes ont fortement augmenté la quantité d’informations (par exemple, l’imagerie médicale, les comptages cellulaires).
Cette équipe SISTM est labellisée à la fois par l’Inserm, l’université de Bordeaux et l’Inria.
Les applications sont réalisées en collaboration avec l’Institut de recherche sur le vaccin (VRI), d’autres équipes du centre ainsi que l’Unité d’appui méthodologique à la recherche clinique et épidémiologique (USMR) du CHU de Bordeaux.
Les deux principaux objectifs de l’équipe SISTM sont :
En s’appuyant sur des connaissances biologiques extérieures, l’extraction d’informations pertinentes à partir de données omiques permet d’identifier un signal qui est ensuite intégré dans des modèles mécanistes afin d’en estimer les paramètres. Ces modèles peuvent ensuite orienter les stratégies vaccinales optimales à évaluer dans les prochains essais cliniques. De tels essais in silico, permettant alors de concevoir des essais cliniques optimisés avec des stratégies personnalisées, génèrent à leur tour de nouvelles données qui nécessitent et alimentent de nouveaux développements méthodologiques tels que ceux mentionnés précédemment.
L’équipe est structurée en trois axes de recherche axés autour de ces objectifs communs :
L’axe “Apprentissage statistique en grande dimension” a pour objectifs de
L’axe “Modélisation mécanistique” a pour objectifs de :
L’axe “Vaccinologie translationnelle et design” a pour objectifs de :
Tout ce travail est réalisé en collaboration avec nos partenaires de l’Institut de Recherche en Vaccinologie (VRI), la plateforme EUCLID/ANRS-MIE CMG, l’UMS MART et l’Hôpital de Bordeaux.
La recherche menée par l’équipe SISTM est financée par une combinaison de programmes nationaux, européens et internationaux, ainsi que de partenariats public-privé. SISTM est impliqué dans deux axes du programme 1 du PEPR Santé Numérique (SMATCH ; AI4scMed). L’équipe sécurise également un financement européen majeur en tant que partenaire dans des programmes tels qu’Horizon Europe (SOLVE ; IP-CURE-B), IMI2 (CARE) et EDCTP2 (PREVAC-UP, ASCENT), qui soutiennent la modélisation statistique et l’analyse de données pour la recherche sur les vaccins. Les collaborations internationales, notamment avec CEPI (MUSICC), UT Austin (RISE), la Rand Corporation (DESTRIER) et des partenaires latino-américains (MATH AmSud), renforcent davantage l’innovation méthodologique. L’équipe collabore également avec des partenaires industriels tels que Johnson & Johnson, Gilead et Ipsen pour la conception et l’analyse des essais cliniques.
Des chercheurs et étudiants internationaux visitent régulièrement l’équipe SISTM, avec qui ils travaillent en étroite collaboration dont :
Le projet EBOVAC2 a été fondé à l’initiative de IMI2 Ebola+ programme Ebovac 2, en réponse à la forte épidémie du virus Ebola afin d’étudier l’efficacité de la réponse immunitaire déclenchée par une stratégie vaccinale préventive et prometteuse « prime-boost » contre le virus Ebola. Cet essai clinique de phase 2 est sous la responsabilité scientifique de Rodolphe Thiébaut de l’unité Inserm 1219.
European HIV Vaccine Alliance (EHVA) a été fondé par EU Horizon 2020 afin de favoriser le développement de vaccin efficace via une plate-forme européenne dédiée à la découverte et l’évaluation de nouveaux candidats vaccins prophylactiques et thérapeutiques. L’équipe SISTM est impliquée dans le projet en tant que leader de groupes de travail (WP10) sur l’intégration des datas.
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