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PLEIADE (SR0669RR)

from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology

MAGNOME (SR0354IR) →  PLEIADE →  PLEIADE (SR0868XR)


Statut: Terminée

Responsable : David Sherman

Mots-clés de "A - Thèmes de recherche en Sciences du numérique - 2023" : Aucun mot-clé.

Mots-clés de "B - Autres sciences et domaines d'application - 2023" : Aucun mot-clé.

Domaine : Santé, biologie et planète numériques
Thème : Biologie numérique

Période : 01/01/2015 -> 28/02/2019
Dates d'évaluation :

Etablissement(s) de rattachement : <sans>
Laboratoire(s) partenaire(s) : <sans UMR>

CRI : Centre Inria de l'université de Bordeaux
Localisation : Centre Inria de l'université de Bordeaux
Code structure Inria : 091064-0

Numéro RNSR : 201521167X
N° de structure Inria: SR0669RR

Présentation

L'étude de la biologie associe des études de formes (la diversité) et des modélisations de processus (fonctionnels ou évolutifs). Pleiade répond au double défi de la mesure rapide et pertinente de dissimilarités entre objets biologiques et de l’exploration des relations entre la diversité des traits et la diversité de fonctions, à plusieurs échelles. Nous développons des algorithmes, modèles, et cadres logicielles pour des applications en écologie, évolution et biotechnologie.


Axes de recherche

Méthodes

  • Distances et reconnaissance de formes
  • Modélisation hybride hiérarchique
  • E-science

Applications

  • Annotation de génomes et transcriptomes
  • Systematique et taxonomie moléculaire
  • Écologie de communautés et génétique de populations

Relations industrielles et internationales

  • CRG/DIM University of Chile (modélisation hybride)
  • SLU Uppsala (ecosystèmes lentics, metagénomique de diatomés, bioindication)
  • Russian Academy of Sciences (usines cellulaires et biotechnologie)
  • Labex CEBA (Centre pour l'étude de la biodiversité en Amazonia)
  • BioLaffort (sélection et génomique de levains oenologiques)
  • DGAC CAER (consortium industriel Carburants altérnatifs pour l'aéronautique)