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AMIB (SR0318HR)

Algorithmes et modèles pour la Biologie Intégrative

AMIB →  AMIB (SR0436BR)


Statut: Terminée

Responsable : Mireille Regnier

Mots-clés de "A - Thèmes de recherche en Sciences du numérique - 2023" : Aucun mot-clé.

Mots-clés de "B - Autres sciences et domaines d'application - 2023" : Aucun mot-clé.

Domaine : STIC pour les sciences de la vie et de l'environnement
Thème : Biologie numérique et bioinformatique

Période : 01/05/2009 -> 31/12/2010
Dates d'évaluation :

Etablissement(s) de rattachement : <sans>
Laboratoire(s) partenaire(s) : <sans UMR>

CRI : Centre Inria de Saclay
Localisation : Laboratoire d'Informatique de l'Ecole polytechnique
Code structure Inria : 111051-0

Numéro RNSR : 201120772K
N° de structure Inria: SR0318HR

Présentation

AMIB poursuit 3 buts biologiques principaux.
  • les modèles structuraux pour les ARN et les protéines;
  • les stratégies d'annotation structurelles et fonctionnelles des séquences;
  • l'ingéniérie des protéines se repliant en un pli donné et des ARN satisfaisant des contraintes.
La modélisation et l'annotation se basent sur des algorithmes combinatoires, l'énumération et les probabilités. Les méthodes d'extraction de connaissance sont aussi adaptées. Le développement de critères quantitatifs rigoureux pour évaluer la qualité des prédictions est au coeur de ce projet. Le projet vise aussi à construire des bibliothèques de séquences artificielles utilisables pour l'ingéniérie structurelle et fonctionnelle.

Axes de recherche


Relations industrielles et internationales

Collaborations en cours avec des universitaires et chercheurs de : MPI-Berlin, UPenn, UQAM-Montreal, Swiss Institute of Bioinformatics (Geneva), UCBerkeley.