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PLEIADE (SR0868XR)

Patterns de diversité et réseaux de fonctions

PLEIADE (SR0669RR) →  PLEIADE


Statut: Décision signée

Responsable : David Sherman

Mots-clés de "A - Thèmes de recherche en Sciences du numérique - 2023" : A3.1. Données , A3.2. Connaissances , A3.3.2. Fouille de données , A3.3.3. Analyse de données massives , A3.4. Apprentissage et statistiques , A6.1. Outils mathématiques pour la modélisation , A6.2. Calcul scientifique, analyse numérique et optimisation , A8.2. Optimisation , A9.8. Raisonnement

Mots-clés de "B - Autres sciences et domaines d'application - 2023" : B1.1.7. Biologie computationnelle , B1.1.10. Biologie des systèmes et biologie synthétique , B3. Environnement et planète

Domaine : Santé, biologie et planète numériques
Thème : Biologie numérique

Période : 01/03/2019 -> 31/12/2027
Dates d'évaluation : 15/05/2022

Etablissement(s) de rattachement : CNRS, INRAE
Laboratoire(s) partenaire(s) : LABRI, BIOGECO (1202)

CRI : Centre Inria de l'université de Bordeaux
Localisation : Centre Inria de l'université de Bordeaux
Code structure Inria : 091064-1

Numéro RNSR : 201521167X
N° de structure Inria: SR0868XR

Présentation

L'étude de la biologie associe des études de formes (la diversité) et des modélisations de processus (fonctionnels ou évolutifs). Pleiade répond au triple défi de la construction de représentations compactes de dissimilarités entre objets biologiques ; de l’exploration des relations entre la diversité des traits et la diversité de fonctions, à différentes échelles ; et de l'intégration de ces relations en modèles numériques et discrets. Nous raffinons des méthodes de réduction de dimension pour la diversité génomique et taxinomique. Notre paradigme est que les modèles métaboliques soient une représentation compacte de la diversité fonctionnelle, d'organismes individuels ou de communautés d'organismes. Pleiade développe et diffuse des algorithmes, modèles, et cadres logicielles pour des applications en écologie, évolution et biotechnologie.


Axes de recherche

Méthodes

  • Distances et reconnaissance de formes
  • Modélisation hybride hiérarchique
  • Modélisation métabolique à l'échelle de génomes et de communautés
  • E-science

Applications

  • Annotation de génomes et transcriptomes
  • Systematique et taxonomie moléculaire
  • Écologie de communautés et génétique de populations
  • Agroécologie
  • Santé humaine

Relations industrielles et internationales

  • Labex CEBA (Centre pour l'étude de la biodiversité en Amazonia)
  • Institut Pasteur in Cayenne (diversité de viromes et metacommunautés)
  • Institut des Sciences du Vigne et du Vin U. Bordeaux & BioLaffort (sélection et génomique de levains oenologiques)
  • Quadram Institute Bioscience & Earlham Institute, UK (meta-analyses de cohorts metagenomique de microbiotes humaines)
  • INRAE BFP, STLO, MaIAGE, SAVE, Micalis, IEES (applications et développements methodologiques)
  • Institut Sophia Agrobiotech (agroecologie et modélisation de microbiomes de plantes)
  • CRG/DIM University of Chile (modélisation hybride)
  • University of Potsdam (answer set programming et résolution combinatoire)
  • Station Biologique de Roscoff (applications en algues)
  • SLU Uppsala (ecosystèmes lentics, metagénomique de diatomés, bioindication)
  • CEA (capteurs numériques bio-inspirés)
  • U. Besançon & U. Orléans (environnement fluidique du microbiote intestinal)
  • U. Paris-Saclay & U. Evry (apprentissage automatique)
  • Inria Bretagne Atlantique (biologie de système et écologie de système)
  • Biomathematica
  • Ysopia Bioscience